Ушканьи острова расположены в средней части Байкала, в 7 км западнее полуострова Святой Нос и представляют собой возвышающиеся над водной поверхностью вершины Академического хребта.
Ушканьим островам присвоен статус памятника природы. На Большом Ушканьем острове расположена постоянно действующая метеостанция и находится кордон национального парка. Посещение Ушканьих островов возможно только по разрешению администрации парка. Общая площадь островов - 10 км2. Архипелаг состоит из 4 островов: Большой, Тонкий, Круглый и Долгий.
Свое название острова получили от слова «ушкан» - так в Сибири раньше называли зайцев. Но зайцы на островах не водились. Название пришло с севера России, где поморы Белого моря морскими зайцами называли морских тюленей. Русские выходцы из европейского Севера, увидев на этих островах много байкальского пресноводного тюленя нерпы, назвали их Заячьими, и так было зафиксировано на карте Семена Ремезова в 1701 году. Затем название Заячьи стали произносить по-сибирски Ушканьи и это название сохранилось до настоящего времени. Ушканьи острова остаются излюбленным лежбищем нерпы.
Большой остров поднимается из воды в виде горы на высоту 216 м и вытянут с запада на восток на 5 км при ширине около 3 км. Три маленьких острова возвышаются над поверхностью Байкала всего на 17-22 м. Большой Ушканий остров известен также тремя пещерами на северо-восточном берегу у подножия известковых скал с открытыми в них стоянками человека новокаменного века (5000-4000 лет назад).
На Большом острове хорошо сохранился первозданный лес из высоких лиственниц и сосен. Под деревьями - густые заросли даурского рододендрона, кусты которого покрываются весной множеством ярких фиолетовых цветов. В начале лета на обрывистых берегах островов обильно цветет необычная морская капуста. Обращают на себя внимание и скалы, сплошь покрытые бурым лишайником.
Некоторые виды растений имеют особенности, присущие флоре только этих островов. На Большом острове встречается даурская лиственница (ветвится с комля) с бутылкообразным утолщением коры внизу ствола, ушканья береза с черной корой и острозубчатыми листьями (глубокие разрезы по краям), часто встречаются флагообразные кроны деревьев.
Изолированность островов от материкового берега существенно сказалась на развитии животного мира. Одно из самых интересных явлений островов - муравейники. По плотности муравейников Большой остров не имеет себе равных в стране, на 1 га приходится 18-20 муравейников, а общее их число насчитывает несколько тысяч. В последние годы поселения муравьев пострадали от пожаров.
Несмотря на удаленность, ежегодно эти острова посещает приблизительно 150 человек. Около островов мелко, и тихую погоду хорошо просматриваются камни на дне Байкала. Зимой вокруг островов образуется множество пропарин, и поездка по льду здесь предпочтительней с ледовым проводником.
Каменистые берега островов служат лежбищем байкальского тюленя. Самое крупное лежбище нерпы на Байкале находится на западной стороне острова Тонкого. По оценке ученых, численность животных на лежбище колеблется в пределах 2000 голов и не изменяется с 1934 г. Нерпа осторожна, и если громко разговаривать и шуметь на подходе, то нерпы ныряют с камней в воду.
